Zasadniczą korzyścią dla zagranicznego przedsiębiorcy dostarczającego towary do magazynu konsygnacyjnego w Polsce jest brak obowiązku jego rejestracji do celów VAT w Polsce.  W przeciwnym wypadku unijny podatnik VAT przywożąc towary do Polski musiałby wykazać WNT zgodnie z art. 11 ust. 1  ustawy o VAT, a następnie w chwili wydania towarów polskiemu kontrahentowi  opodatkować sprzedaż według stawki krajowej.

Zgodnie z art. 2 ust. 27c ustawy o VAT, magazyn konsygnacyjny  to wyodrębnione u polskiego podatnika zarejestrowanego do transakcji wewnątrzwspólnotowych (jako podatnika VAT UE) miejsce przechowywania na terytorium Polski towarów należących do podatnika podatku od wartości dodanej (podatnika z innego kraju unijnego), które są przemieszczone przez niego lub na jego rzecz z terytorium państwa członkowskiego innego niż Polska do tego miejsca, z którego podatnik VAT UE je pobiera i wówczas dochodzi do przeniesienia prawa do rozporządzania tymi towarami jak właściciel. Samo wprowadzenie towarów do magazynu konsygnacyjnego nie wywołuje skutków podatkowych.

Zgodnie z art. 12a ust. 1 ustawy o VAT, przemieszczenie towarów, o którym mowa w art. 11 ust. 1, przez podatnika podatku od wartości dodanej lub na jego rzecz, nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej lub stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium Polski, do magazynu konsygnacyjnego w celu ich dostawy prowadzącemu magazyn konsygnacyjny oraz dostawę tych towarów, uważa się za WNT u prowadzącego magazyn konsygnacyjny.

Magazyn konsygnacyjny

Aby mogło się tak jednak stać musi być spełniony szereg warunków, a mianowicie:

1) podatnik podatku od wartości dodanej nie jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny lub zwolniony (podatnik z innego kraju unijnego nie jest zarejestrowany w Polsce jako podatnik VAT czynny lub zwolniony);

2) przechowywane w magazynie konsygnacyjnym towary są przeznaczone do działalności produkcyjnej lub usługowej, z wyłączeniem działalności handlowej, przez prowadzącego magazyn konsygnacyjny (polski nabywca będący jednocześnie prowadzącym magazyn konsygnacyjny będzie wykorzystywał towary  do działalności produkcyjnej lub usługowej);

3) prowadzący magazyn konsygnacyjny (polski podatnik), przed pierwszym wprowadzeniem przez podatnika podatku od wartości dodanej towarów do tego magazynu (podatnika z innego kraju unijnego), złożył w formie pisemnej naczelnikowi urzędu skarbowego zawiadomienie o zamiarze prowadzenia magazynu konsygnacyjnego zawierające:

a) dane podatnika podatku od wartości dodanej dokonującego przemieszczenia towarów do magazynu konsygnacyjnego oraz prowadzącego magazyn konsygnacyjny, dotyczące ich nazw lub imion i nazwisk, numerów identyfikacyjnych stosowanych na potrzeby odpowiednio podatku od wartości dodanej i podatku, adresu siedziby działalności gospodarczej lub stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej oraz adresu, pod którym znajduje się magazyn konsygnacyjny,

b) oświadczenie podatnika podatku od wartości dodanej, że zamierza dokonywać przemieszczenia towarów, o którym mowa w art. 11 ust. 1, do magazynu konsygnacyjnego; w oświadczeniu wskazuje się prowadzącego magazyn konsygnacyjny;

4) prowadzący magazyn konsygnacyjny prowadzi ewidencję towarów wprowadzanych do tego magazynu, zawierającą datę ich wprowadzenia, datę pobrania towarów z magazynu, dane pozwalające na identyfikację towarów, a w przypadku, o którym mowa w art. 20b ust. 3 – także dane dotyczące powrotnego przemieszczenia towarów; przepis art. 109 ust. 3 stosuje się odpowiednio.